Bilim insanları, vücudumuzdaki proteinleri üreten tüm DNA dizilimini analiz edip ve daha sonra tedaviler ile eşleştiren bir program geliştirdiler. IMPACT adı verilen bu analiz hattı kişiselleştirilmiş kanser tedavisinde yeni umutlar vaad ediyor. Kolorado Üniversitesi Kanser Merkezi araştırmacıları, çalışmanın sonuçlarını saygın dergilerden JAMIA’da (The Journal of American Medical Informatics) “Moleküler profiller ile kullanılabilir tedavileri klinik örneklerde birleştiren tüm ekzom dizileme analiz hattı: IMPACT” başlığıyla yayımladılar.
Ekibin yaptığı bu analiz programıyla, tümörlerde yapılan tüm ekzom dizileme sonrası verileri yorumlandı. Böylece FDA onaylı hedef tedaviler kanserin eşsiz genetiği ile eşleştirilerek kişisel kanser tedavisine çok faydalı bir araç geliştirilmiş oldu. Kolorado Üniversitesi Kanser Merkezi’nde araştırmacı, biyoinformatik doçenti ve çalışmanın kıdemli yazarı Dr. Aik Choon Tan, tüm ekzom dizilemenin hastalarda daha fazla kullanılabilir hale geldiğini ve bu tanı aracının elde edilen çiğ verilerden aday genleri çıkaracabileceğini ve yeni tedaviler için onlarla bağlantı kurabileceğini belirtti.
TEDAVİ EDİCİ AJANLARLA GENLER İLİŞKİLENDİRİLECEK
Moleküler profiller ile entegre edilen uygulanabilir tedavi veya IMPACT, tüm ekzom dizileme tarafından oluşturulan veriler ile başlar. Daha sonra vücudun 20 bin geni ile buna karşılık gelen bölümler halinde ham veriler insan genomu üzerinde eşlenir. Araç, daha sonra kanser gelişimine rehberlik edebilecek farklı genleri keşfetmek için “normal” gen modelleri ile bu genlerin kodunu karşılaştırır. IMPACT, aynı zamanda gen tekrarlarını sayar bu da kanserin hızla veya yavaş büyümesi ile ilgili bize veri verir.
Şimdi aday genlerin bir listesi olduğunu belirten Dr. Tan, “Bir sonraki adım tedavi edici ajanlar ile genlerin ilişkilendirilmesidir” dedi. Ulusal Kanser Enstitüsü Moleküler Analiz Klinik Denemeler ve MyCancerGenome.org veritabanı da dahil olmak üzere IMPACT terapi seçimi için halka açık veritabanlarını tarayarak FDA onaylı tedavilerden hangilerinin bu aday genleri hedef haline getirip keşfedeceğine bakıyor. Laboratuvar ekibi, yeni aracı Kanser Genom Atlas veritabanında epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR) mutasyonu olduğu bilinen küçük hücreli akciğer kanseri olmayan hastalar için tüm ekzom dizi verilerini girerek test ettiler. IMPACT başarıyla EGFR geni mutasyonunu belirledi ve FDA onaylı EGFR inhibitörlerini önerdi.
Araştırmacılar, daha sonra aracın yeteneğini doğrulamak için geriye dönük melanom tanısı hastalarının ekzom dizilerini hastanın aktif mutasyonunu keşfetmek ve doğru tedavi ile eşleştirmek için kullandılar. Dr. Tan, aracın bir hastanın BRAF geninde mutasyon olduğunu tespit ettiğini ve BRAF değişikliklerini hedefleyen ilaç vemurafenibi önerdiğini önemle vurguladı. İlaç, hastanın tümörünü kontrol etti. Ancak, 2 yıl sonra tümör nüks etti. Grup hasta tümör dokusunun yeniden tüm ekzom dizilenmesini sağladı ve BRAF mutasyonuna ilave olarak, hastanın ayrıca bir NRAS mutasyonu geliştirdiğini buldu. Dr. Tan, “Zamanla tümör örneklerinin analiz edilmesi ile kanser hücresinin nasıl ve neden dirençli hale geldiği de görülebiliyor” dedi.
NRAS mutasyonlarına bağlı hücreleri bozmak için Dabrafenib (BRAF için) ve trametinib (NRAS için) kombine edilerek hastaya verildi ve hastanın melanoması yine 2 yıl kontrol altında tutuldu. Kanser tekrar nüks ettiği zaman tekrar IMPACT kullanılarak tümor dokusunun yeniden tüm ekzom dizilenmesi sağlandı ve değerlendirildi. Analiz sonucunda tümor baskılayıcı bir gen olan CDKN2A’nın kaybı görüldü. Şu anda melanom tedavisinde FDA tarafından onaylanmış sikline bağlı kinaz (CDK) gen ailesini inhibe edici bir ilaç bulunmuyor. Bununla birlikte, ilaç palbociclib son zamanlarda meme kanserlerinin bir alt kümesinin tedavisi için FDA onayı almıştır.
Dr. Aik Choon Tan “Bir CDK inhibitörü ile bu melanom tedavisini yapabilecek miyiz, bunu görmek için çalışıyoruz. Bu ilaç önceki kombinasyon nedeniyle oluşan kanser direncinin üstesinden gelecek mi? Bunları araştırıyoruz” dedi.
EKZOM:
Vücudun fonksiyonu için gerekli olan proteinlerin üretimini sağlayan genlerin DNA dizilerinin bütünüdür. Bilimin bu zamana kadar belirleyebildiği hastalığa neden olan mutasyonların bir çoğu DNA’nın ekzon bölgelerinde tespit edilmiştir.
MELANOM:
Melanositlerden kaynaklanan malign (kötü huylu) bir kanser türüdür. Melanositler koyu renkli bir pigment olan melanin üreten hücrelerdir ve cilt renginden sorumludurlar. Genellikle deride bulunurlar ancak bağırsaklar ve göz gibi vücudun diğer bölgelerinde de bulunabilirler. (Wikipedia)
FDA:
ABD’nin Sağlık Bakanlığı’na bağlı; gıda, diyet eklentileri, ilaç, biyolojik medikal ürünler, kan ürünleri, medikal araçlar, radyasyon yayan aletler, veteriner aletleri ve kozmetiklerden sorumlu bürosudur. FDA kısaltmasının açılımı U.S. Food and Drug Administration olup, Türkçe “Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi” olarak ifade edilebilir. (Wikipedia)
Doç.Dr.Şehime TEMEL
Aydınlık / 01.04.2016
